比起禽流感，大家更熟悉的是流感，引发流感的流感病毒，有甲(A，禽类是主要宿主与感染对象)、乙(B，主要感染人类)、丙(C，少见)三种。通常来说，禽流感就是由在禽类中流行的甲型流感病毒引起的传染性疾病。

禽流感病毒有很多不同的亚型，区别的依据就是病毒上血凝素蛋白(HA)及神经氨酸酶蛋白(NA)不同。目前已知有16种HA亚型和9个NA亚型。HA与NA的每一种组合，都是一个亚型，譬如这次的H7N9以及大家更熟悉的H5N1。所有已知的甲型流感病毒的亚型都能在鸟类中找到。

禽流感病毒分高致病性(只有H5和H7两种亚型)和低致病性两种，存在于野生禽类的消化道，多数情况并不致病，但高致病性禽流感病毒在鸟类中的传染性很强，且一旦感染，鸟类的死亡率也很高，对家禽来说尤其严重。人类通常不会被禽流感病毒感染，不过，由于病毒基因突变的存在，有些禽流感病毒亚型可以实现跨物种传播，经由禽类及被禽类分泌物、排泄物污染的物体感染人，但禽流感在人与人间的传播，非常罕见。

甲型流感的H7病毒是一组通常在鸟类中传播的流感病毒。甲型 H7N9流感病毒属于H7病毒大类下的一个亚群。虽然偶尔会有某些 H7病毒(H7N2、H7N3、H7N7)感染人类的报告，但过去没有人类感染H7N9病毒的报告，直到中国最近报告出现了这种病例。许多流感病毒都是动物(猪、禽或其他物种)病毒，通常不会跨物种感染。甲型H7N9禽流感病例之所以令人担心，是因为这是首次报告此型人类病例。